Er zijn nog veel varkensbedrijven zonder een toereikende provinciale natuurvergunning. In feite zijn deze bedrijven voor de Wet Natuurbescherming illegaal. Provincies voeren nog geen actief handhavingsbeleid dus een directe aanleiding om een natuurvergunning aan te vragen ontbreekt. Soms is het verstandig toch een vergunning aan te vragen; soms is het beter even rustig af te wachten.
Varkensbedrijven zonder natuurvergunning zijn in te delen in drie groepen: bedrijven die nooit een natuurvergunning hebben aangevraagd, bedrijven die een PAS-melding hebben gedaan en bedrijven waarvan de aangevraagde natuurvergunning is vernietigd door de rechter via bezwaar of beroep.
Nog nooit een natuurvergunning aangevraagd
Op een varkensbedrijf ontbreekt vaak een natuurvergunning als er sinds 2010 geen ontwikkeling heeft plaatsgevonden waarvoor een omgevingsvergunning nodig was. Sinds ca. 2010 is er namelijk een verplichte koppeling tussen de omgevingsvergunning die de gemeente afgeeft en de natuurvergunning van de provincie. Varkensbedrijven die nog nooit een natuurvergunning hebben aangevraagd of een PAS-melding hebben gedaan zijn vaak verouderde bedrijven. Als er in de toekomst een ontwikkeling plaats gaat vinden moet natuurlijk alsnog een natuurvergunning worden aangevraagd. De referentie is daarbij de hoeveelheid vergunde varkens op de datum dat een Natura2000-gebied is aangewezen. Op zijn vroegst is dit 10 juni 1994.
PAS-meldingen
Veel varkensbedrijven hebben in de periode 2015-2018 een Pas-melding gedaan. Hierdoor verviel onder de Pas de natuurvergunningplicht. Het ging om bedrijven met minder dan 1,0 mol depositie op natuurgebieden. Later werd deze drempelwaarde bij veel natuurgebieden verlaagd naar 0,05 mol. De minister is van plan de Pas-melders te legaliseren omdat ze keurig binnen de toen geldende regelgeving hebben gehandeld. Er hoeven dan geen extra ammoniakbeperkende maatregelen genomen te worden. Het opgegeven systeem in de Pas-melding is leidend. Als voorwaarde noemt de minister dat de gemelde activiteiten gerealiseerd moeten zijn, oftewel dat de gemelde stallen wel gebouwd zijn. Het is nog niet duidelijk of het hebben van een omgevingsvergunning-bouwen ook voldoende is. Er komt vast een referentiedatum hiervoor want wie een nieuwe stal al heeft aanbesteed of zelfs al is begonnen met de bouw kan geen natuurvergunning worden geweigerd, lijkt me. Wie een Pas-melding heeft gedaan voor een nieuwe stal en niet in bezit is van een Omgevingsvergunning-bouwen vist waarschijnlijk achter het net.
Vernietigde PAS-natuurvergunning
Door het instellen van beroep bij de Raad van State zijn veel natuurvergunningen gesneuveld. De provincies moeten voor deze varkensbedrijven een nieuw besluit nemen. Provincies geven de varkenshouders dan veelal de kans om de vergunningaanvraag te wijzigen zodat ze binnen de huidig geldende regels vallen. Dit betekent vaak een veel kleiner dieraantal dan in de oorspronkelijke aanvraag stond.